Durant cette période, Klaus Barbie notamment, y menait ses interrogatoires brutaux. Les caves du bâtiment, devenues le cœur du musée, servaient alors de geôles aux prisonniers avant les interrogatoires.
Le musée propose également des expositions temporaires, dont certaines abordent des sujets contemporains tels que l'engagement des femmes, la Tchétchénie, la chute du Mur de Berlin, etc.
Il donne ainsi des clés pour mieux comprendre le monde qui nous entoure.