Musée de la Résistance et de la Déportation : Le Musée de la Résistance et de la Déportation est un musée d'histoire, qui, dans ses 20 salles, traite de cinq grands thèmes : le Nazisme, Vichy et l'Occupation, la Résistance et la répression, la Déportation et le génocide des Juifs, la Libération. C'est aussi un musée d'art qui présente deux salles d'œuvres réalisées en camp. C'est enfin un important centre d'archives et de documentation.
Musée Comtois : Le Musée comtois, Musée de France, est présent dans le cadre prestigieux de la Citadelle de Besançon depuis 1960. Il transmet au public l'histoire des hommes et des paysages qui ont forgé la Franche-Comté au cours des derniers siècles, tout en s'inscrivant dans un axe ethnographique ouvert sur le monde et les sociétés actuelles. Une raison à cela, la Franche-Comté est une des régions les moins closes et les moins repliées de France. C'est un pays de sel et de fer, de vins et de bois, produits internationaux par excellence. Ainsi, tout en valorisant un patrimoine populaire régional ancien, le Musée comtois est un lieu d'exposition et de médiation ouvert sur le monde et sa diversité culturelle.