En 1660, Marseille est assujettie au pouvoir royal après l'attaque d'une armée de 7000 hommes commandée par le Duc de Mercoeur. Louis XIV décide alors l'édification du fort St-Nicolas pour protéger la rade de Marseille. Mais cette construction est surtout un moyen pour lui de contrôler une ville qui lui a longtemps été hostile.
Les travaux sont menés suivant les plans en " étoile " du Maréchal des Camps et Commissaire Général des Fortifications, Louis Nicolas de Clerville. Ils sont achevés en 1664. Vauban fait ensuite ajouter des batteries rasantes et la fausse braye que l'on voit encore aujourd'hui autour du bas-fort.