Il a le label musée de France. Le musée a été créé en 1831 pour accueillir les vestiges issus des fouilles effectuées à Lillebonne, sous l'impusion, notamment, du préfet Henri Dupont-Delporte.
Le premier directeur du musée fut Achille Deville et l'un de ses premiers conservateurs a été l'abbé Cochet. Léon de Vesly en a été le directeur.