Il s'étend sur une superficie de près de 178 000 hectares à travers trois départements : l'Ain, le Doubs et le Jura. Le siège du parc est basé à Lajoux. Au-del à du fonctionnement administratif, la Maison du Parc se caractérise par un bâtiment " à haute qualité environnementale" (HQE) qui s'ouvre tout au long de l'année au public par plusieurs expositions permanentes et temporaires et par des animations culturelles ou pédagogiques à destination des publics scolaires.
La « maison du parc » a été construite en 2004.