Créé par décision du 23 décembre 1793 et ouvert en 1795, il est abrité dans l'ancien couvent des Augustins de Toulouse.
Il rassemble des collections importantes de peinture et de sculpture. L'édifice est classé au titre des monuments historiques depuis 1840 (parties médiévales) et inscrit (escalier Darcy) depuis 1990.
Le jardin du musée des Augustins fut mis en place à l'occasion d'une exposition qui lui a été consacrée au mois d'octobre 1995 sous le nom de « Les jardins d'un couvent ».
Le jardin est issu d'un partenariat entre la conservation du musée et les Espaces vert de la ville de Toulouse.