Beaupré, et sa communauté presque toujours constante d'une petite quarantaine de moniales, réussit à traverser toutes les crises et toutes les guerres, voyant se succéder les Comtes de Flandre, les Ducs de Bourgogne et les souverains d'Espagne, pour passer ensuite au Royaume de France, avant d'être supprimée à la Révolution.
Beaupré est ensuite démontée à des fins spéculatives, à l'exception de nombreuses substructions et de la ferme abbatiale qui ne disparût qu'au siècle dernier. Lors de la Grande Guerre, les terres et la ferme de l'abbaye de Beaupré ont accueilli un aérodrome militaire britannique permanent, sur lequel ont stationné une dizaine d'escadrons du Royal Flying Corps et de la Royal Air Force et y ont vécu plus de 3000 personnes.
Après une fouille partielle, en 1991-1992, révélant un important mobilier de l'abbaye elle-même (pierres tombales, pavements décorés, monnaies européennes de toutes époques, objets de la vie quotidienne), et de l'occupation militaire (équipement, vie quotidienne, armement et munitions), actuellement exposé dans un petit musée privé situé dans la même commune, le site archéologique présente un plan au sol presque complet du carré abbatial.