Fondé en 1946, il est ouvert dans l'enceinte du château de Caen en 1963. Initialement consacré à l'ethnographie, le musée s'étend à l'archéologie, avec une salle ouverte en 1968, et des collections qui s'enrichissent avec les nombreuses fouilles archéologiques menées dans le département jusque dans les années 1980.
Le musée des beaux-arts de Caen s'installe dans l'enceinte du château et ouvre en juin 1970.