Il a ouvert ses portes le 26 juin 2006 après 3 années de travaux, la première pierre ayant été posée le 22 septembre 2003 par Philippe de Villiers, président du Conseil Général de la Vendée de 1988 à 2010. Le nouvel équipement muséographique reprend les collections de l'ancien Écomusée du Puy du Fou qui a depuis fermé ses portes.
Le musée, propriété du Conseil Général de la Vendée et géré par la Conservation Départementale des musées de Vendée a été labellisé Musée de France.